Ich kenne ja Deine neue Zündung nicht, welcher Hersteller ist es denn?
Auf jeden Fall würde ich mich zunächst strikt an die Einbauanleitung halten.
Wenn da nicht nachzulesen ist, in welchem Zustand das LED bei stehendem Motor blinkt, würde ich sie trotzdem versuchen, nach Angaben einzustellen, in der Hoffnung, das das Blinken irgendwann aufhört.
Wie weit bist Du denn bei Deinem Umbau gekommen?
Hast Du die Kurbelwelle schonmal weiter gedreht?...auf Zündzeitpunkt oder OT vorderer Zyl im Kompressionstakt?