Was mich stutzig macht, ist, dass er sagt bei kaltem Motor ist das "Klappern" mehr/höhrbarer als bei warmen Motor.

bei TC88 B rasselt es gewaltig im Motorblock (doppelte Ausgleichwelle), aber dím warmen Motor besser als kalt.
Es könnte also auch der Laufschlitten geprüft werden, auch die mechanischen Steuerkettenspanner (sofern der TE einen B hat) sind zu prüfen. 

Ansonsten spricht viel für die Aussage von Sam V. Das würde ich auch machen als erstes. 

Leider ist es so, dass sich der TC88 B recht rasselig und klapprig anhört. Mich hat das anfänglich sehr genervt, tut es im Grunde immer noch. Aber die dumpfere Auspuffanlage tröstet darüber hinweg.

Ich hab bei der Komplettinspektion alles prüfen lassen in der HD Werkstatt. Alles ok, aber eben eine Eigenart des Motors.

Also ich meine in dem Video den hinteren Zylinder von der linken Seite gefilmt etwas "mehr" zu hören.
Und wenn es in kalten Zustand mehr ist, würde ich eventuell mal die die Hydro´s checken

edit meint: Franky war schneller

Wenn du die Hitzebleche vorher nicht ab hattest und dieses Geräusch auch vorher nicht aufgetreten ist, dann würde ich diese ausschließen.
Zum anderen machen diese kein regelmässiges (drehzahlabhängiges) Geräusch.

Auch da: Handschuhe an, festhalten, und wenns immer noch klappert, kommts wo anders her.

Genau so. Wenn an einem Stößelcover lauter ist, hast du die Problemstelle. 

Meist verschleißt einer der hinteren Hydrostößel schneller.